Сравнение гена с эталонной последовательностью в одной позиции - PullRequest
Новая
       23

Сравнение гена с эталонной последовательностью в одной позиции

1 голос
/ 11 октября 2019

У меня проблема с домашней работой, когда я извлекал данные из файла fasta. Теперь мне нужно проверить «тонкую» позицию, чтобы увидеть, является ли база SNP (например, ссылка - это T, а альтернатива - A. Как найти базу в эталонной последовательности для сравнения?

Я попытался запустить цикл For, но я понятия не имею, действительно ли он проходит через последовательности. 

lymphoma = []
lymphoma_variants = []
outfileLymphoma = open("lymphoma_variants.txt", 'w')
print('IndividualID', 'variantID', 'GeneDiseaseInfo', sep = '\t', file = outfileLymphoma)
#want to compare the Non-h Lymphoma variants

for position in range(len(seqlist)):

    if position == 246708:
        if reference == 'G':

            lymphoma.append(lymphoma_variants[0:])
            print(name, rsid, geneinfo, sep = '\t', file = outfileLymphoma)
        else:
            continue
    else:
        continue

    if position == 248722:
        if reference == 'A':

            lymphoma.append(lymphoma_variants[0:])
            print(name, rsid, geneinfo, sep = '\t', file = outfileLymphoma)
        else:
            continue
    else:
        continue

Код в идеале проверяет каждую последовательность индивидуумов, и если есть SNP для лимфомы,он будет выводиться в файл. Единственное, что выводит это заголовки и данные случайного человека. Спасибо за ваш совет!

...