Круг, определенный двумя точками, нуждается в двух отдельных функциях, каждая из которых возвращает координату точки:
var graph = board.create('circle', [
function(x) {
return [0, 3/(4*a.Value())];
},
function() {
return [0, 2/(4*a.Value())];
}
], {strokeColor: 'green',strokeWidth:3})
См. http://jsfiddle.net/L7jdzf3o/