Не знаю точно, в чем заключается проблема, но вы можете щелкнуть правой кнопкой мыши по своему xsl-файлу в eclipse и выбрать XSL-преобразование «Запуск от имени» и дать ему желаемый xml.
Вы также можете отладить и проверить в окне результатов, что происходит.