Вы добавили CoreData.framework в свой проект (или случайно удалили его)? Это может быть источником ошибки компоновки.
Кроме того, я рекомендую вам проверить MOGenerator, Wolf Rentsch. Это очень
более мощный генератор кода для основных классов данных, который использует шаблон промежутка генерации. Он может автоматически восстанавливать классы каждый раз, когда вы сохраняете xcdatamodel, сохраняя свой собственный код.