Проверьте ваш проект на диске, где он создан.
Если он находится внутри вашего существующего хранилища, вы просто можете git status, и он покажет все новые файлы, добавленные в ваш новый проект.
Если нет, то создайте свои новые проекты с другими проектами (на уровне иерархии одного уровня на диске). Это позволит вам добавить и зафиксировать новый проект в существующем хранилище в вашей ветке.