Получается, что в git команды с псевдонимами обычно запускаются в корне текущего репо. Так как .gitconfig находится в ~, а команда "git clone" не требует репозитория, он пытается запустить git clone в ~.
Чтобы исправить это, используйте GIT_PREFIX, чтобы найти каталог, из которого была запущена команда, и перейдите на cd,Вот псевдонимы, которыми я закончил:
[alias]
clonebb = "!cd \"${GIT_PREFIX:-.}\" && git clone git@bitbucket.org:$1/$1.git #"
clonegh = "!cd \"${GIT_PREFIX:-.}\" && git clone git@github.com:$1/$1.git #"