Вам необходимо указать mimeType
:
multipartFormData.append(pdfData, withName: "pdfDocuments", fileName: "pdf", mimeType:"application/pdf")
Обновлено
В соответствии с ошибкой вы должны понимать, что сервер ожидает PDF с именем "файл "
попробуйте это:
multipartFormData.append(pdfData, withName: "file", fileName: "file", mimeType:"application/pdf")