Установка пакета R

Question

У меня два основных вопроса.

1. Как найти значение по умолчанию Rprofile, которое работает? Я еще не настроил Rprofile, поэтому я не уверен, откуда он запускается.

2. Я пытаюсь установить несколько пакетов с помощью команды (после выполнения SUDO в главном терминале).

install.packages("RODBC","/home/rama/R/i486-pc-linux-gnu-library/2.9")

и я получаю сообщение об ошибке:

ОШИБКА: не удалось заблокировать каталог '/home/rama/R/i486-pc-linux-gnu-library/2.9' для изменения Попробуйте удалить '/ home / rama / R / i486-pc-linux-gnu-library /2.9/00LOCK'

Загруженные пакеты находятся в '/ tmp / RtmpkzDMVU / download_packages'. Предупреждение: в install.packages ("RODBC", "/home/rama/R/i486-pc-linux-gnu-library/2.9"): установка пакета 'RODBC' имела ненулевой статус выхода

Answer 1

Несколько комментариев к вашим вопросам:

1. Посмотрите на help(Startup). Вы, вероятно, используете $R_HOME/etc/Rprofile [который в Ubuntu и Debian также доступен как /etc/R/Rprofile, поскольку мы создали софт-ссылки для их соединения], и у вас есть как пустой $R_HOME/etc/Rprofile.site, так и ~/.Rprofile для игры.
2. Для начала, сделайте ls -l в файле блокировки и посмотрите, что он там есть. Если это так, и если у вас не запущен другой процесс R. Перезапустите установку пакета.
3. RODBC нужны заголовки разработки для библиотеки ODBC и все такое - опять же, для Debian / Ubuntu вы просто говорите sudo apt-get install r-cran-rodbc. Если вы запустите другой дистрибутив, посмотрите, не упакован ли он в RODBC.
4. Относительно ~/.Rprofile есть несколько возможных советов и приемов, которые вы можете извлечь из этого более раннего вопроса StackOverflow .

Answer 2

Что касается установки вашего пакета, я думаю, что проблема в "/home/rama/R/i486-pc-linux-gnu-library/2.9/00LOCK". Просто см. Этот каталог, и установка будет работать.

ссылка на китайском языке: http://cos.name/cn/topic/108555#post-239310

Answer 3

Спасибо за ответ. Это действительно помогает! Я установил свой пакет RODBC, используя sudo apt-get. Это было безболезненно. Тем не менее, я все еще немного озадачен тем, какой Rprofile используется. Я действительно использую Ubuntu Jaunty.

Когда я делаю команду whereis R, я получаю следующее.

R: / usr / bin / R / etc / R / usr / lib / R / usr / local / lib / R / usr / share / R /usr/share/man/man1/R.1.gz

В / etc / R у меня есть

ldpaths Makeconf Renviron Renviron.site Репозитории Rprofile.site

Если я перейду в / usr / lib / R / etc, у меня будет

ldpaths Makeconf Renviron Renviron.site Репозитории Rprofile.site

1) Мой вопрос: какой из них используется для запуска R?

2) Когда я делаю sudo apt-get install r-cran-rodbc, где устанавливается пакет?

3) У меня есть домашняя папка для R по адресу /home/rama/R/i486-pc-linux-gnu-library/2.9, где все мои пакеты с биокондуктором находятся. Как мне получить пакеты sudo apt-get для установки здесь? (?. Профайл) Это даже необходимо?