Поскольку вы импортируете объект, вы получите ссылку. Функция require в основном импортирует экспортированный объект (который является module.exports).
На объекты всегда ссылаются и не копируют в JavaScript. Это относится не только к узлу, но и к JavaScript в целом. Это означает, что и config, и editConfigFile указывают на один и тот же объект.
Один из способов решения этой проблемы - скопировать объект с помощью Object.assign (). Вот как вы можете создать копию:
var config = Object.assign({}, require("./config.js")); //This line basically copies module.exports into a new empty object and returns that the config variable
var editConfigFile = Object.assign({}, require("./config.js"));
Теперь и config, и editConfigFile являются новыми объектами и не будут ссылаться на старый объект.