ggbiplot возвращает пустой красный столбец - PullRequest
Новая
       100

ggbiplot возвращает пустой красный столбец

1 голос
/ 31 октября 2019

У меня есть микрочип из 4703 проб и 6 временных точек обработки образцов.

Они представлены в большой матрице: 

dim(microarray)

47303 6

Я сделал следующее: 

pca <- prcomp(x = t(microarray), scale. = T, center = T)

Используя ggplot2, я могу визуализировать PCA с помощью следующего кода: 

pca.data <- data.frame(micro_9a = rownames(pca$x),
                       X = pca$x[,1],
                       Y = pca$x[,2])

colnames(pca.data) <- c("Induction",
                        "X",
                        "Y")

ggplot(data = pca.data,
       aes(x = X, y = Y)) +
  geom_text(label = pca.data$Induction) +
  geom_point(aes(color = Induction), size = 50, alpha = 0.4) +
  labs(x = "PC1 (35.66%)",
       y = "PC2 (26.50%)",
       title = "Principle Component Analysis of the TCP4 microarray") +
  theme_few()

ggplot2 generated PCA visualisation

Я хотел быиспользуйте ggbiplot для создания более информативной визуализации, например, так: https://datacamp.com/community/tutorials/pca-analysis-r.

Если я использую ggbiplot, чтобы сделать это со следующим кодом: 

ggbiplot(pca, scale = 1, obs.scale = 1, 
         varname.abbrev = T, var.axes = F,
         pc.biplot =TRUE, circle = TRUE,
         ellipse = T)

, я получаю следующий график:

base PCA graph

Однако, если я изменю одну настройку var.axes = T следующим образом: 

g <- ggbiplot(pca, scale = 1, obs.scale = 1, 
              varname.abbrev = T, var.axes = T,
              pc.biplot =TRUE, circle = TRUE,
              ellipse = T)

, тогда я получу следующий пустой график:

blank red graph

Может ли помочь мне решить эту проблему?

...