Немного объясняя, что делает ваш код:
$('.video').click(function(){ // <- Here you are attaching your click event on selected items
// So, when user clicks, this happens:
$().fancybox({ // Here you are telling fancybox to attach click event ..
selector : '.video' // .. on this selector
});
});
Итак, в основном вы проделали слишком много работы, и все, что вам нужно сделать, это удалить собственное событие click, и оно должно работать нормально. Или вы можете использовать API для запуска fancybox программно, как в другом ответе.