Конечные файлы заканчиваются на ".vim"? Если нет, то обнаружение типов файлов в vim может не определить, что эти файлы содержат vim-script. Вы можете либо переименовать файлы так, чтобы они заканчивались на .vim, либо добавить автокоманду для правильной установки типа файла.
Чтобы сделать последнее, вы можете добавить что-то подобное в ваш .vimrc:
au! BufNewFile,BufRead PATTERN set filetype=vim
замена "PATTERN" на шаблон файла, который будет соответствовать рассматриваемым файлам.
EDIT:
См. :help autocmd-patterns
о том, как работают шаблоны:
The file pattern {pat} is tested for a match against the file name in one of
two ways:
1. When there is no '/' in the pattern, Vim checks for a match against only
the tail part of the file name (without its leading directory path).
2. When there is a '/' in the pattern, Vim checks for a match against the
both short file name (as you typed it) and the full file name (after
expanding it to a full path and resolving symbolic links).
В частности, обратите внимание на этот пример:
Note: To match part of a path, but not from the root directory, use a '*' as
the first character. Example: >
:autocmd BufRead */doc/*.txt set tw=78
This autocommand will for example be executed for "/tmp/doc/xx.txt" and
"/usr/home/piet/doc/yy.txt". The number of directories does not matter here.
В вашем случае вы, вероятно, хотите что-то вроде:
au! BufNewFile,BufRead */Vim/* set filetype=vim