Файл конфигурации должен быть опубликован автоматически; если нет, убедитесь, что он сконфигурирован для копирования в выходные данные, и (если это не удалось) проверьте файлы публикации (свойства проекта -> публикация -> файлы приложения), файл конфигурации должен быть помечен как «include (auto)» или «include» «).
Вы не должны пытаться обновить что-либо в каталоге установки приложения. Это плохая идея обычно (поскольку вы не можете предполагать, что можете обновлять «программные файлы», если вы не являетесь администратором), но то же самое относится и к ClickOnce.
Просто создайте файл настроек с некоторыми пользовательскими настройками; они будут сохранены в профиле пользователя, поэтому могут быть надежно обновлены. Вы не можете редактировать файлы, развернутые через ClickOnce; даже если у вас есть доступ, он (по умолчанию) нарушит функцию хеширования и откажется загружать их. Вы можете отключить хеширование, но ... это все еще не лучшая идея.