Попробуйте изменить настройки окна восстановления окна на none. Я думаю, что VS код держит ваши настройки при перезагрузке.
Другие соответствующие настройки, с которыми можно попробовать поиграться:
"window.restoreWindows": "all",
"window.openFilesInNewWindow": "off",