Установите пакет apt-transport-https. Затем вы можете использовать HTTPS.
Примечание. Не все репозитории Debian поддерживают HTTPS. Некоторые не имеют настоящих SSL-сертификатов (самозаверяющих). Это может быть проблемой для вас. На данный момент я считаю странным, что некоторые обновления происходят с конечными точками HTTP.