humpy.genfromtxt введите аргумент fname из списка - PullRequest
Новая
       31

humpy.genfromtxt введите аргумент fname из списка

0 голосов
/ 11 октября 2019

У меня есть несколько текстовых файлов в качестве результата вычисления, из которого я хочу извлечь данные:

(Примечание. Поскольку некоторые из файлов довольно искажены, я поместил копии в свой Dropbox. URL-адрес https://www.dropbox.com/sh/h774f8jzjb5l0wx/AAAqhvHsmPAhK_svdQG2Ou9Ha?dl=0)

=======================================================================
PSOVina version 2.0                                                    
Giotto H. K. Tai & Shirley W. I. Siu                                   

Computational Biology and Bioinformatics Lab                           
University of Macau                                                    

Visit http://cbbio.cis.umac.mo for more information.                   

PSOVina was developed based on the framework of AutoDock Vina.         

For more information about Vina, please visit http://vina.scripps.edu. 

=======================================================================

Output will be 14-7_out.pdbqt
Reading input ... done.
Setting up the scoring function ... done.
Analyzing the binding site ... done.
Using random seed: 768314908
Performing search ... done.

Refining results ... done.

mode |   affinity | dist from best mode
     | (kcal/mol) | rmsd l.b.| rmsd u.b.
-----+------------+----------+----------
   1    -9.960902669      0.000      0.000
   2    -8.979504781      1.651      2.137
   3    -8.942611364      3.051      6.898
   4    -8.915523010      2.146      2.875
   5    -8.736508831      2.908      7.449
   6    -8.663387139      2.188      2.863
   7    -8.410739711      5.118      7.281
   8    -8.389146347      2.728      3.873
   9    -8.296798909      2.416      3.846
  10    -8.168454106      3.809      8.143
  11    -8.127990818      3.712      8.109
  12    -8.127103774      3.084      4.097
  13    -7.979090739      3.798      4.959
  14    -7.941872682      4.590      8.294
  15    -7.900766215      3.300      8.204
  16    -7.881485228      2.953      4.224
  17    -7.837826485      3.005      4.125
  18    -7.815909505      4.390      8.782
  19    -7.722540286      5.695      9.851
  20    -7.720346742      3.362      4.593
Writing output ... done.

Это работает: 

 import numpy as np

    print('${d}')

    data = np.genfromtxt("14-7.log", usecols=(1), skip_header=27, 
    skip_footer=1, encoding=None)

    print(data)

    np.savetxt('14-7.dG', data, fmt='%12.9f', header='14-7')
    print(data)

, что дает: 

runfile('/home/comp/Apps/Python/PsoVina/DeltaGTable_V_s.py', 
 wdir='/home/comp/Apps/Python/PsoVina', current_namespace=True)
 ${d}
 [-9.96090267 -8.97950478 -8.94261136 -8.91552301 -8.73650883 -8.66338714
  -8.41073971 -8.38914635 -8.29679891 -8.16845411 -8.12799082 -8.12710377
  -7.97909074 -7.94187268 -7.90076621 -7.88148523 -7.83782648 -7.8159095
  -7.72254029 -7.72034674]
 [-9.96090267 -8.97950478 -8.94261136 -8.91552301 -8.73650883 -8.66338714
  -8.41073971 -8.38914635 -8.29679891 -8.16845411 -8.12799082 -8.12710377
  -7.97909074 -7.94187268 -7.90076621 -7.88148523 -7.83782648 -7.8159095
  -7.72254029 -7.72034674]

Примечание; операторы печати предназначены для быстрой проверки иливыходные данные: 

# 14-7
 -9.960902669
 -8.979504781
 -8.942611364
 -8.915523010
 -8.736508831
 -8.663387139
 -8.410739711
 -8.389146347
 -8.296798909
 -8.168454106
 -8.127990818
 -8.127103774
 -7.979090739
 -7.941872682
 -7.900766215
 -7.881485228
 -7.837826485
 -7.815909505
 -7.722540286
 -7.720346742

Кроме того, этот скрипт bash работает: 

    #!/bin/bash

    # Run.dG.list_1

    while IFS= read -r d
    do
        echo "${d}.log"

   done <ligand.list

, который возвращает три имени файла журнала: 

 14-7.log
 15-7.log
 18-7.log

Но, еслиЯ запускаю этот скрипт bash: 

#!/bin/bash

 # Run.dG.list_1

 while IFS= read -r d
 do
     echo "${d}.log"
     python3 DeltaGTable_V_sl.py
 done <ligand.list

, где DeltaGTable_V_sl.py: 

 import numpy as np

    print('${d}')

    data = np.genfromtxt('${d}.log', usecols=(1), skip_header=27, 
    skip_footer=1, encoding=None)
    print(data)

    np.savetxt('${d}.dG', data, fmt='%12.9f', header='${d}')
    print(data.dG)

Я получаю: 

 (base) comp@AbNormal:~/Apps/Python/PsoVina$ sh ./Run.dG.list_1.sh
     14-7.log
     python3: can't open file 'DeltaGTable_V_sl.py': [Errno 2] No such file 
     or directory
     15-7.log
     python3: can't open file 'DeltaGTable_V_sl.py': [Errno 2] No such file 
     or directory
     18-7.log
     python3: can't open file 'DeltaGTable_V_sl.py': [Errno 2] No such file 
     or directory
     C-VX3.log
     python3: can't open file 'DeltaGTable_V_sl.py': [Errno 2] No such file 
     or directory

Итак, может показаться, что журналметки файлов находятся в рабочей области, но «$ {d} .log» не распознается как genfromtxt как fname. Хотя я гуглил каждую комбинацию терминов, о которых могу думать, я явно что-то упускаю.

КакУ меня есть потенциально сотни файлов для обработки, я был бы признателен за указание на решение проблемы.

Tспасибо заранее.

Ответы [ 2 ]

0 голосов
/ 11 октября 2019

Я могу создать ваше сообщение об ошибке: 

0029:~/mypy$ python3 foobar
python3: can't open file 'foobar': [Errno 2] No such file or directory

foobar - это произвольное имя, которое явно отсутствует в пути Python.

Так что вы даже не началиDeltaGTable_V_sl.py, гораздо меньше проблем с genfromtxt. Так что большая часть вашего вопроса не актуальна.

0 голосов
/ 11 октября 2019

Python теперь не знает ${d} как используется в сценарии оболочки.

Если вы хотите использовать аргумент командной строки, передаваемый вашему скрипту Python, вы можете использовать argparse или модуль sys. argparse более мощный, поэтому вы можете сначала попробовать sys: 

sys.argv[0] # name of the Python script.
sys.argv[1] # command line arguments 1
sys.argv[n] # command line arguments n

См. здесь .

...