Попробуйте следующим образом.
Ваша конечная точка API
@POST("url")
Call<ResponseBody> yourAPi(@Body JSONArray jsonArray);
И вызов API с использованием данных параметров
String[] answer = {"aaa","bbb","ccc"}
JSONArray jsArray= new JSONArray();
try {
for(int i = 0; i < answer.length; i++) {
JSONObject object = new JSONObject();
object.put("question_id",i+1);
object.put("answer",answer[i]);
jsArray.put(object);
}
} catch (JSONException e1) {
// TODO Auto-generated catch block
e1.printStackTrace();
}
// here you can call your api
Call<ResponseBody> call = yourApiService.yourAPi(jsArray);
// ........