Ваш вопрос довольно широкий. Но если я правильно понимаю, что вам нужно, вы можете использовать стандартную настройку Inno Типы - Компоненты - Задачи Система:
[Types]
Name: server; Description: "Server";
Name: client; Description: "Client";
[Components]
; The "descriptions" are not visible in this setup
Name: server; Description: "Server"; Types: server;
Name: client; Description: "Client"; Types: client;
[Tasks]
Name: client1; Description: "Client feature 1"; Components: client;
Name: client2; Description: "Client feature 2"; Components: client;
[Files]
Source: "Server.exe"; DestDir: "{app}"; Components: server;
Source: "ClientFeature1.exe"; DestDir: "{app}"; Tasks: client1;
Source: "ClientFeature2.exe"; DestDir: "{app}"; Tasks: client2;