Ваша ошибка означает, что у вас есть обратный слеш в тексте переменной.
Самое простое решение - заменить разделитель на тот, который не встречается в тексте переменной.
Если нетзапятые используют запятую:
sed -i "s,LOCAL_PATH_TO_REPO,$PWD," file.yml
Флаг -i
вносит изменения во входной файл (работает для GNU sed
).