После долгих поисков и попыток практически во всем, ответом оказалась необходимость установить режим GTK перед запуском Eclipse.
export GTK_IM_MODULE="ibus"
Чтобы облегчить свою жизнь в будущем, ясоздал файл сценария, чтобы делать это каждый раз, когда я запускал Eclipse. Это простой текстовый файл с установленным флагом исполняемого файла.
#/bin/bash
export GTK_IM_MODULE="ibus"
~/Programs/eclipse/php-2019-03/eclipse/eclipse
Надеюсь, это спасет других от большого количества поиска.