Для того, чтобы добиться того, что вы пытаетесь сделать, вам нужно сделать запрос следующим образом:
const user = await User.findById(req.params.id, { email: true })
Второй объект - это проекция, то есть поля, которые вы хотите вернуть из коллекции, вв этом случае возвращается только электронное письмо, но вы можете сделать:
const user = await User.findById(req.params.id, { email: true, _id: true })
или даже исключить поля:
const user = await User.findById(req.params.id, { email: false })