Как сохранить массив в виде файла DICOM? - PullRequest
Новая
       12

Как сохранить массив в виде файла DICOM?

0 голосов
/ 18 октября 2019 
import pydicom as dicom
import pydicom.uid
from pydicom.dataset import Dataset, FileDataset
import numpy as np
import datetime, time

def write_dicom(pixel_array,filename):

    file_meta = Dataset()
    file_meta.MediaStorageSOPClassUID = 'Secondary Capture Image Storage'
    file_meta.MediaStorageSOPInstanceUID = '1.3.6.1.4.1.9590.100.1.1.111165684411017669021768385720736873780'
    file_meta.ImplementationClassUID = '1.3.6.1.4.1.9590.100.1.0.100.4.0'
    ds = FileDataset(filename, {},file_meta = file_meta,preamble="\0"*128)
    ds.Modality = 'WSD'
    ds.ContentDate = str(datetime.date.today()).replace('-','')
    ds.ContentTime = str(time.time()) #milliseconds since the epoch
    ds.StudyInstanceUID =  '1.3.6.1.4.1.9590.100.1.1.124313977412360175234271287472804872093'
    ds.SeriesInstanceUID = '1.3.6.1.4.1.9590.100.1.1.369231118011061003403421859172643143649'
    ds.SOPInstanceUID =    '1.3.6.1.4.1.9590.100.1.1.111165684411017669021768385720736873780'
    ds.SOPClassUID = 'Secondary Capture Image Storage'
    ds.SecondaryCaptureDeviceManufctur = 'Python 2.7.3'

    ## These are the necessary imaging components of the FileDataset object.
    ds.SamplesPerPixel = 1
    ds.PhotometricInterpretation = "MONOCHROME2"
    ds.PixelRepresentation = 0
    ds.HighBit = 15
    ds.BitsStored = 16
    ds.BitsAllocated = 16
    ds.SmallestImagePixelValue = '\\x00\\x00'
    ds.LargestImagePixelValue = '\\xff\\xff'
    ds.Columns = pixel_array.shape[0]
    ds.Rows = pixel_array.shape[1]
    if pixel_array.dtype != np.uint16:
        pixel_array = pixel_array.astype(np.uint16)
    ds.PixelData = pixel_array.tostring()

    ds.save_as(filename)
    return

s="prueba.dcm"
b1 = bytes(s, encoding = 'utf-8')
type(b1)
b2 = str.encode(s)
b3 = s.encode()


archivo = write_dicom(data_set_m[1], b1)

В вышеприведенном коде data_set_m[1] - это соответствующий модифицированный numpy_array, полученный с изображения DICOM с использованием CV2. Я получаю эту ошибку

AttributeError: у объекта 'bytes' нет атрибута 'tell'

Я пытаюсь применить фильтры к массиву numpy, который представляет массив пикселеймедицинского изображения в формате DICOM.

...