Используя какой API? В объектной модели Outlook вы можете использовать Application.Session.OpenSharedItem, чтобы открыть файл MSG, а затем сохранить его в формате HTML, используя MailItem.SaveAs(.., olHTML).
Обратите внимание, однако, что OOM нельзя использовать из службы (например, IIS). - но вы можете использовать такую библиотеку, как Redemption ), и, в случае JS внутри браузера, OOM будет работать только из IE (если ваш скрипт поставляется с доверенного сайта).