loadtxt
не должно быть проблем с таким файлом. Имитация чтения с помощью copy-n-paste вашего отпечатка:
In [2]: txt = """ 0.0000000e+00 0.0000000e+00 0.0000000e+00 0.0000000e+0
...: 0 0.0000000e+00 0.0000000e+00
...: -3.6344707e-03 -2.6598413e-02 8.4534688e-02 -8.6057356e-04 3.483
...: 3275e-04 -1.7481226e-05
...: -7.6545137e-03 -6.9117133e-02 1.0195991e-02 -1.1818548e-03 6.226
...: 1736e-04 -1.1414899e-04"""
In [3]: np.loadtxt(txt.splitlines())
Out[3]:
array([[ 0.0000000e+00, 0.0000000e+00, 0.0000000e+00, 0.0000000e+00,
0.0000000e+00, 0.0000000e+00],
[-3.6344707e-03, -2.6598413e-02, 8.4534688e-02, -8.6057356e-04,
3.4833275e-04, -1.7481226e-05],
[-7.6545137e-03, -6.9117133e-02, 1.0195991e-02, -1.1818548e-03,
6.2261736e-04, -1.1414899e-04]])