Я обычно использую M-x load-file. Но имейте в виду, что некоторая инициализация выполняется только в первый раз. Такие вещи, как библиотеки, которые устанавливают свои значения по умолчанию при загрузке, но не перезагружаются во второй раз. Всегда хорошая идея запустить emacs с нуля, чтобы проверить, что все работает нормально.