Вы можете попытаться указать контекст в команде следующим образом?
dotnet ef database update -c MyDbContextName -e Development
Я довольно часто выполняю миграцию базы данных EF, используя консоль диспетчера пакетов, а не CLI - так что я не на 100% знаком сit.
Каждый раз, когда у меня возникала ошибка, это либо потому, что я запускал команду без предварительного выбора правильного проекта (где для проекта был определен только один контекст), либо потому, что было доступно несколько контекстов, и этов команде следует указать, в каком контексте я запускаю команду.