Если файл уже отслежен в удаленном репозитории, его необходимо удалить.
Попробуйте для тестирования:
- клонировать удаленное хранилище в новую локальную папку
- добавить его точное имя к .gitignore:
echo README.md>>.gitignore - удалить его локально:
git rm README.md (или git rm --cached README.md, если вы хотите сохранить его) - добавить, зафиксируйте и нажмите:
git add .; git commit -m "delete README"; git push
Убедитесь, что вы используете правильный регистр для файла для удаления, и не удаляйте .gitignore.