Независимо от тегов BERT, NER обычно выполняется с помощью тегов в формате IOB (внутри, снаружи, в начале) или чем-то похожим (часто конец также явно помечается). Теги внутри и начальные содержат тип объекта. Примерно так:
Alex B-PER
is O
going O
to O
Los B-LOC
Angeles I-LOC
Если вы измените свои обучающие данные так, что будет только один тип сущности, модель научится обнаруживать сущности, не зная, к какому типу относится сущность.
Alex B
is O
going O
to O
Los B
Angeles I