Извлечение шаблона из нескольких файлов и сохранение с именами файлов - PullRequest
Новая
       7

Извлечение шаблона из нескольких файлов и сохранение с именами файлов

0 голосов
/ 24 октября 2019

Я могу сохранить вхождение извлеченного шаблона из нескольких сжатых файлов в одном выходном файле, но я также хочу сохранить имя входного файла.

Я использовал команду grep для извлечения шаблонов и wc -lчтобы получить количество вхождений. 

 #!/bin/bash

 for sample in *.gtf.gz;  
  do  
    #echo $sample   
   describer=$(echo ${sample} | sed 
 's/_sorted_astalavista.gtf.gz//')  
   echo $describer    

  zgrep -w '0,1-2^' $sample | wc -l | tee -a output2.txt
 done

Например, вхождение шаблона в input_file_1 равно 300, а его вхождение в input_file_2 - 500. Я могу сохранить 300, 500 в файле:

300

500

, но я также хочу включить имена входных файлов, чтобы выходные данные выглядели так:

input_file_1 300

input_file_2 500

.

.

.

..

...