Обычно вам лучше просто создать новый фрейм данных, удовлетворяющий необходимым условиям, чем редактировать со старым. Если вы сомневаетесь, вы всегда можете присвоить его тому же имени, но вот минимальный пример:
value = 20
df_filtered = df[(df != value).all(axis=1)]