Нет, формат GIF не поддерживает прозрачность альфа-канала, как PNG. Вы можете выбрать только один из 256 возможных цветов в GIF-файле, чтобы он был прозрачным.
Если вы приблизительно знаете, каким будет цвет фона, лучшее, что вы можете сделать, это создать GIF с тем же фоном, на котором вы планируете его использовать, а затем выбрать цвет фона как прозрачный. Гладкие края будут выглядеть гладкими на этом конкретном фоне, но ужасно на других цветах.