Вам необходимо указать свой собственный рендер:
public class RendererEx : ToolStripProfessionalRenderer {
protected override void OnRenderMenuItemBackground(ToolStripItemRenderEventArgs e) {
//base.OnRenderMenuItemBackground(e);
e.Item.BackColor = Color.Black;
}
}
Затем примените его в конструкторе формы:
menuStrip1.Renderer = new RendererEx();