Использование gsub
gsub("apple|23", "", string1)
#[1] "pearbananaorange"
Или с str_remove_all
stringr::str_remove_all(string1, "apple|23")
Для обновленных данных мы можем сделать
gsub("^apple|\\d+", "", s_df$s_df)
#[1] "pearbananaorange" "orangewatermelon" "pearwatermelonkl"