Используйте функцию ismember для сравнения строк за строкой.
clc; clear;
M = [ 1 2; 3 4; 8 2; 4 5; 7 8; 1 5; 2 7; 6 8; 9 4; 3 9; 10 11; 12 13; 14 12; 45 67; 49 50; 55 67; 44 77; 66 88];
idx1 = find(ismember(M,[3 4],'rows'))
idx2 = find(ismember(M,[14 12],'rows'))
idx1
и idx2
будут иметь номер строки.