Я не думаю, что есть какой-либо способ изменить отступ с помощью инструмента EntLibConfig.exe.
Что вы можете сделать, это открыть сгенерированные файлы конфигурации в Visual Studio с установленным отступом 4 пробела (который у вас есть). Затем нажмите Ctrl-K, Ctrl-D, чтобы отформатировать документ. Это должно установить все отступы на 4 пробела.
Кроме того, вы можете привести случай, когда конфигурация EL генерируется кодом и, возможно, не должна соответствовать опубликованному стандарту. например Я не ожидал бы, что код, сгенерированный svcutil.exe, будет соответствовать стандартам и рекомендациям моей организации.