Возможно, можно использовать внешний (независимый от базы данных) полнотекстовый движок, например, Lucene (если вы используете PHP, Вы также можете взглянуть на Zend_Search_Lucene)
Есть много таких (некоторые бесплатные, некоторые дорогие, некоторые с открытым исходным кодом, а некоторые проприетарные); но они, как правило, позволят вам пойти дальше, чем позволяет полнотекстовый MySQL - и он не будет интегрирован в базу данных (что может быть хорошо: например, вы можете индексировать документы - или плохо: Вы не можете легко объединить эти результаты с одним из результатов SQL-запроса)
Преимущество использования такого движка состоит в том, что полнотекстовый поиск действительно является их работой; и они должны делать это хорошо (и быть «разумными» в отношении того, что пользователи склонны вводить).
Недостаток - у вас должен быть другой двигатель; что означает больше работы, больше конфигурации и больше развития, так как вы не можете просто включить их в свою БД.