Вы можете использовать $ addToSet
await UserData.update({name:"something"},{ $addToSet: { additionalData: [1,2,3] })
или
await UserData.updateOne({name:"something"},{ $addToSet: { additionalData: [1,2,3] })
Если вы не выполните никаких условий, это добавит ко всем документам
await UserData.update({},{ $addToSet: { additionalData: [1,2,3] })
Если вы хотите удалить несколько значений из массива, используйте $ pull
await UserData.update({},{ $pull: { additionalData: { $in: [ 1, 2,3 ] }}})
Если вы хотите удалить одно значение
await UserData.update({},{ $pull: { additionalData:1 }})