2000 довольно низок. Вы могли бы собрать это изрядное количество без особых страданий.
Затем вы, вероятно, захотите сохранить историю при выходе из системы, так как это когда новые команды добавляются в файл .history.
Создайте файл с именем .logout в вашем $ HOME (для пользователей bash это файл .bash_logout). При этом скопируйте содержимое истории в постоянное хранилище. Например:
cat $HOME/.history >> $HOME/.ancient_history
Это добавит историю в файл ".ancient_history". Для пользователей bash файл для копирования называется .bash_history.
Затем создайте задание cron, которое время от времени создает резервную копию этого. Для начала приведем файл, который перемещает файл в имя файла с отметкой даты в 5 минут после полуночи каждый день.
5 0 * * * mv $HOME/.ancient_history $HOME/.ancient_history_`date +%s`
Возможно, с этим можно сделать еще кое-что, но этого достаточно, чтобы начать. Это очень хорошая идея, о которой я и раньше не думал: -)