Невозможно настроить TCGAbiolinks - PullRequest
1 голос
/ 11 октября 2019

Я установил TCGAbiolinks, используя anaconda. Когда я пытаюсь запустить его из Rstudio с помощью library(TCGAbiolinks), появляется следующая ошибка:

Error: package or namespace load failed for ‘TCGAbiolinks’ in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]]):
namespace ‘blob’ 1.1.1 is being loaded, but >= 1.2.0 is required

Я пытался обновить blob или установить запрошенную версию вручную, но затем я получаю сообщение об ошибке:

package ‘blob=1.2.0’ is not available (for R version 3.6.1)

(Я также пытался понизить R до более старой версии (3.6.0), но проблема сохранялась с дополнительным предупреждением, что TCGAbiolinks было сделано для 3.6.1)

Попытки установить версию для разработчиков TGCAbiolinks привели к различным ошибкам.

Помощь будет принята с благодарностью! Я очень новичок в использовании командной строки и Unix в целом, и у меня нет идей.

Ответы [ 2 ]

0 голосов
/ 11 октября 2019

Обновление всех пакетов в RStudio и перезапуск сделали свое дело!

0 голосов
/ 11 октября 2019

Вы можете попробовать установить на RStudio с помощью BiocManager.

if (! RequireNamespace ("BiocManager", спокойно = TRUE)) install.packages ("BiocManager")

BiocManager :: install("TCGAbiolinks")

библиотека (TCGAbiolinks)

...