И, конечно же, через 30 минут после того, как я отправил вопрос, я сам нашел ответ (несмотря на то, что несколько дней бился головой о стену перед публикацией).
По сути, нам нужно обновить сущность $ unit после сохранения / сброса начальной записи:
$em->refresh($unit);
В противном случае метод getAccountByType, по-видимому, не учитывает изменения. Таким образом, оказывается, что методы сущностей не учитывают сброшенные изменения в базе данных, если сущность не обновляется. Наверное, простые вещи, но я этого не знал. Надеюсь, это спасет многих от неприятностей.