Netbeans и Eclipse поставляются с файлом .exe, который по очереди запускает JVM. Exe itaself, вероятно, ничего не делает после запуска виртуальной машины. Я подозреваю, что вы также видите NetBeans javaw.exe в диспетчере задач.
Таким образом, вам нужно написать собственный exe-файл (с помощью некоторого инструмента для Windows), который делает похожую вещь.