InnoDB: страница заголовка состоит из нулевых байтов в файле данных: ./ibdata1

Question

Я развертываю MySQL на openshift (kubernetes), но получаю ошибку ниже

---> 10:01:34     Initializing database ...
---> 10:01:34     Running /opt/rh/rh-mysql57/root/usr/libexec/mysqld --initialize --datadir=/var/lib/mysql/data --ignore-db-dir=lost+found
---> 10:01:35     Starting MySQL server with disabled networking ...
---> 10:01:35     Waiting for MySQL to start ...
2019-10-18T10:01:35.188509Z 0 [Warning] TIMESTAMP with implicit DEFAULT value is deprecated. Please use --explicit_defaults_for_timestamp server option (see documentation for more details).
2019-10-18T10:01:35.188567Z 0 [Warning] 'NO_AUTO_CREATE_USER' sql mode was not set.
2019-10-18T10:01:35.325995Z 0 [Note] /opt/rh/rh-mysql57/root/usr/libexec/mysqld (mysqld 5.7.24) starting as process 40 ...
2019-10-18T10:01:35.430574Z 0 [Note] InnoDB: PUNCH HOLE support available
2019-10-18T10:01:35.430612Z 0 [Note] InnoDB: Mutexes and rw_locks use GCC atomic builtins
2019-10-18T10:01:35.430621Z 0 [Note] InnoDB: Uses event mutexes
2019-10-18T10:01:35.430627Z 0 [Note] InnoDB: GCC builtin __atomic_thread_fence() is used for memory barrier
2019-10-18T10:01:35.430634Z 0 [Note] InnoDB: Compressed tables use zlib 1.2.7
2019-10-18T10:01:35.430642Z 0 [Note] InnoDB: Using Linux native AIO
2019-10-18T10:01:35.431024Z 0 [Note] InnoDB: Number of pools: 1
2019-10-18T10:01:35.431174Z 0 [Note] InnoDB: Using CPU crc32 instructions
2019-10-18T10:01:35.433296Z 0 [Note] InnoDB: Initializing buffer pool, total size = 2G, instances = 8, chunk size = 128M
2019-10-18T10:01:35.584269Z 0 [Note] InnoDB: Completed initialization of buffer pool
2019-10-18T10:01:35.610249Z 0 [Note] InnoDB: If the mysqld execution user is authorized, page cleaner thread priority can be changed. See the man page of setpriority().
2019-10-18T10:01:35.624480Z 0 [ERROR] InnoDB: Header page consists of zero bytes in datafile: ./ibdata1, Space ID:0, Flags: 0. Please refer to http://dev.mysql.com/doc/refman/5.7/en/innodb-troubleshooting-datadict.html  for how to resolve the issue.
2019-10-18T10:01:35.624518Z 0 [ERROR] InnoDB: Corrupted page [page id: space=0, page number=0] of datafile './ibdata1' could not be found in the doublewrite buffer.
2019-10-18T10:01:35.624667Z 0 [ERROR] InnoDB: Plugin initialization aborted with error Data structure corruption
---> 10:01:36     Waiting for MySQL to start ...
2019-10-18T10:01:36.225356Z 0 [ERROR] Plugin 'InnoDB' init function returned error.
2019-10-18T10:01:36.225372Z 0 [ERROR] Plugin 'InnoDB' registration as a STORAGE ENGINE failed.
2019-10-18T10:01:36.225377Z 0 [ERROR] Failed to initialize builtin plugins.
2019-10-18T10:01:36.225380Z 0 [ERROR] Aborting
2019-10-18T10:01:36.225393Z 0 [Note] Binlog end
2019-10-18T10:01:36.225454Z 0 [Note] Shutting down plugin 'CSV'
2019-10-18T10:01:36.233760Z 0 [Note] /opt/rh/rh-mysql57/root/usr/libexec/mysqld: Shutdown complete

Я искал в Google, и они рекомендуют сделать следующее

rm -rf /var/lib/mysql/ib_logfile*

, но, как вы знаете, в Dockerи мир kubernetes, как только pod не может подойти, мы не можем войти в систему, чтобы pod и удалить эти файлы. Из-за этой ошибки модуль MySQL не появляется.

Я использую glusterfs, и я удалил PVC и создал заново, но все еще та же ошибка.

Update1: После рекомендации @Я сделал следующие изменения

• Я загрузил новое изображение «centos / mysql-57-centos7: 5.7» и повторил ту же проблему

• Я использовал mysql: 5.7 image итеперь выдает следующую ошибку

• Я удалил ПВХ и воссоздал с другим размером, но все та же ошибка.

[ERROR] --initialize specified but the data directory has files in it. Aborting. [ERROR] Aborting

Answer 1

После различных попыток я могу решить проблемы. Ниже приведены выводы

• Я заметил, что когда я впервые воссоздаю PVC и развертываю mysql, на этой линии уходит слишком много времени

  Running /opt/rh/rh-mysql57/root/usr/libexec/mysqld --initialize --datadir=/var/lib/mysql/data --ignore-db-dir=lost+found

• В течение этого времени истекает время LiveProbe и происходит перезапуск контейнера, что приводит к ошибкам.

• Iувеличено время initialDelaySeconds при livenessProbe до 240, на этот раз он начал mysql через 4 минуты

• Через 4 минуты он показывает Starting MySQL server with disabled networking и начинает работать дальше.

Мои приложения могут подключить его, но я не знаю, как это повлияет?

---> 16:18:24     Running /opt/rh/rh-mysql57/root/usr/libexec/mysqld --initialize --datadir=/var/lib/mysql/data --ignore-db-dir=lost+found
---> 16:22:15     Starting MySQL server with disabled networking ...
---> 16:22:15     Waiting for MySQL to start ...
2019-10-18T16:22:15.752499Z 0 [Warning] TIMESTAMP with implicit DEFAULT value is deprecated. Please use --explicit_defaults_for_timestamp server option (see documentation for more details).
2019-10-18T16:22:15.772646Z 0 [Note] /opt/rh/rh-mysql57/root/usr/libexec/mysqld (mysqld 5.7.24) starting as process 69 ...
2019-10-18T16:22:15.849580Z 0 [Note] InnoDB: PUNCH HOLE support available
2019-10-18T16:22:15.849613Z 0 [Note] InnoDB: Mutexes and rw_locks use GCC atomic builtins
2019-10-18T16:22:15.849617Z 0 [Note] InnoDB: Uses event mutexes
2019-10-18T16:22:15.849621Z 0 [Note] InnoDB: GCC builtin __atomic_thread_fence() is used for memory barrier
2019-10-18T16:22:15.849624Z 0 [Note] InnoDB: Compressed tables use zlib 1.2.7
2019-10-18T16:22:15.849629Z 0 [Note] InnoDB: Using Linux native AIO
2019-10-18T16:22:15.850236Z 0 [Note] InnoDB: Number of pools: 1
2019-10-18T16:22:15.850459Z 0 [Note] InnoDB: Using CPU crc32 instructions
2019-10-18T16:22:15.852211Z 0 [Note] InnoDB: Initializing buffer pool, total size = 2G, instances = 8, chunk size = 128M
2019-10-18T16:22:15.978704Z 0 [Note] InnoDB: Completed initialization of buffer pool
2019-10-18T16:22:16.005183Z 0 [Note] InnoDB: If the mysqld execution user is authorized, page cleaner thread priority can be changed. See the man page of setpriority().
2019-10-18T16:22:16.208237Z 0 [Note] InnoDB: Highest supported file format is Barracuda.
2019-10-18T16:22:16.402086Z 0 [Note] InnoDB: Creating shared tablespace for temporary tables
2019-10-18T16:22:16.414708Z 0 [Note] InnoDB: Setting file './ibtmp1' size to 12 MB. Physically writing the file full; Please wait ...
---> 16:22:17     Waiting for MySQL to start ...
---> 16:22:18     Waiting for MySQL to start ...
2019-10-18T16:22:18.601639Z 0 [Note] InnoDB: File './ibtmp1' size is now 12 MB.
2019-10-18T16:22:18.608922Z 0 [Note] InnoDB: 96 redo rollback segment(s) found. 96 redo rollback segment(s) are active.
2019-10-18T16:22:18.608943Z 0 [Note] InnoDB: 32 non-redo rollback segment(s) are active.
2019-10-18T16:22:18.609240Z 0 [Note] InnoDB: Waiting for purge to start
2019-10-18T16:22:18.659387Z 0 [Note] InnoDB: 5.7.24 started; log sequence number 2592555
2019-10-18T16:22:18.659667Z 0 [Note] Plugin 'FEDERATED' is disabled.
2019-10-18T16:22:18.663687Z 0 [Note] InnoDB: Loading buffer pool(s) from /var/lib/mysql/data/ib_buffer_pool
2019-10-18T16:22:18.808093Z 0 [Note] Found ca.pem, server-cert.pem and server-key.pem in data directory. Trying to enable SSL support using them.
2019-10-18T16:22:18.808117Z 0 [Note] Skipping generation of SSL certificates as certificate files are present in data directory.
2019-10-18T16:22:18.825225Z 0 [Warning] CA certificate ca.pem is self signed.
2019-10-18T16:22:18.828435Z 0 [Note] Skipping generation of RSA key pair as key files are present in data directory.
2019-10-18T16:22:18.885079Z 0 [Note] InnoDB: Buffer pool(s) load completed at 191018 16:22:18
2019-10-18T16:22:18.948358Z 0 [Warning] 'user' entry 'root@localhost' ignored in --skip-name-resolve mode.
2019-10-18T16:22:18.948397Z 0 [Warning] 'user' entry 'mysql.session@localhost' ignored in --skip-name-resolve mode.
2019-10-18T16:22:18.948404Z 0 [Warning] 'user' entry 'mysql.sys@localhost' ignored in --skip-name-resolve mode.
2019-10-18T16:22:18.948428Z 0 [Warning] 'db' entry 'performance_schema mysql.session@localhost' ignored in --skip-name-resolve mode.
2019-10-18T16:22:18.948435Z 0 [Warning] 'db' entry 'sys mysql.sys@localhost' ignored in --skip-name-resolve mode.
2019-10-18T16:22:18.948448Z 0 [Warning] 'proxies_priv' entry '@ root@localhost' ignored in --skip-name-resolve mode.
2019-10-18T16:22:19.034170Z 0 [Warning] 'tables_priv' entry 'user mysql.session@localhost' ignored in --skip-name-resolve mode.
2019-10-18T16:22:19.034191Z 0 [Warning] 'tables_priv' entry 'sys_config mysql.sys@localhost' ignored in --skip-name-resolve mode.
2019-10-18T16:22:19.633088Z 0 [Note] Event Scheduler: Loaded 0 events
2019-10-18T16:22:19.633217Z 1 [Note] Event Scheduler: scheduler thread started with id 1
2019-10-18T16:22:19.633316Z 0 [Note] /opt/rh/rh-mysql57/root/usr/libexec/mysqld: ready for connections.
Version: '5.7.24'  socket: '/tmp/mysql.sock'  port: 0  MySQL Community Server (GPL)
2019-10-18T16:22:19.634316Z 3 [Note] Your password has expired. To log in you must change it using a client that supports expired passwords.
---> 16:22:19     MySQL started successfully
---> 16:22:19     Setting password for MySQL root user ...

Answer 2

Мне кажется, что ваше изображение повреждено или, по крайней мере, данные, которые вы пытаетесь загрузить.

Даже если вы удалите файлы /var/lib/mysql/ib_logfile*, это снова сломается, когда pod будетперенесено.

Вы можете попробовать войти в pod, используя kubectl exec -it <pod_name> bash, когда он еще запускается, и быстро внести изменения. Если уже слишком поздно и в течение нескольких секунд происходит сбой с помощью crashloopbackoff, вы можете попробовать исправить это в dockerfile, который используется для упаковки изображения. Если у вас нет доступа к dockerfile, вы можете создать свой собственный dockerfile и построить на его основе образ.

Вот документация с Ссылка на Dockerfile , которая может оказаться полезной.

Dockerfile включает в себя что-то вроде этого:

FROM oraclelinux:7-slim

RUN rm -rf /var/lib/mysql/ib_logfile*

EXPOSE 3306 6606 6446 6447 33060

CMD [""]

Пожалуйста, имейте в виду, что это только короткий пример, и он может не работать сам по себе.

Мне удалось найти этот github mattlord / Docker-InnoDB-Cluster , возможно, это поможет.