То, что вы предлагаете, работает, но это не идеальное решение ...
PyDev позволяет вам настроить несколько интерпретаторов, поэтому я предлагаю вам настроить одного интерпретатора для каждой виртуальной среды, которую выиметь и затем использовать Ctrl+Alt+Shift+I для выбора по умолчанию (т. е. текущего) одного (хотя, если у вас несколько проектов, и каждый из них зависит от интерпретатора, вы также можете настроить интерпретатор для использования в конкретном проекте в свойствах проекта. вместо того, чтобы переключать значение по умолчанию каждый раз).
Обратите внимание, что вы можете настроить переменные среды для установки определенного интерпретатора, если для активации интерпретатора требуется установить некоторую переменную среды (на вкладке Environment внастройка интерпретатора).