Вы перезаписываете переменную links в каждой итерации, поэтому вы получите только последние 50 ссылок.
Но вы зацикливаетесь, используя переменную 'i', тогда как ваша функция read_html () использует переменную nextpages, которая на самом деле является вектором из 3 URL-адресов. Вы должны получить ошибку.
Попробуйте это:
links <- c()
for(i in nextpages){
html <- read_html(i)
links <- c(links, html %>% html_nodes("a.vip") %>% html_attr("href"))
}