Если целью является выгрузка файлов, вы можете поместить файлы в любой общий общий каталог, который могут видеть оба (со ссылкой на относительное имя файла или в определенное место).
Если у вас есть потенциальная конкуренция за файлы, обычно обрабатывается способ записи файлов во временное имя файла и переименования файла, когда закончите. Переименование является атомарной операцией, в отличие от записи файла.
Я не вижу в вашем вопросе необходимости в реальном общении. Для этого EJB или JMS являются очевидным выбором в JBoss, но если все, что вы делаете - это делитесь файлами, это кажется излишним.
РЕДАКТИРОВАТЬ: я предполагаю, что вы пишете файлы, используя FileOutputStream / FileWriter и тому подобное. В этом случае это простой случай создания каталога или общей папки, в которой оба процесса, выполняющие соответствующие экземпляры JBoss, имеют права. Если вы не знакомы с администрированием и правами файлов Unix, то serverfault.com - подходящее место, чтобы спросить об этих деталях.