Вам необходимо использовать экземпляр LDA.
изменить
Fit_Features_2 = LDA.fit(features_NiFe, labels)
на
Fit_Features_2 .fit(features_NiFe, labels)
Убедитесь, что метки имеют тип массив. Поэтому преобразуйте кадр данных в массив numpy, используя df.to_numpy()
Также проверьте размеры параметров X и y функции соответствия
X : array-like, shape (n_samples, n_features)
Training data.
y : array, shape (n_samples,)
Target values.