Первое решение, которое приходит на ум, - это использование ajax. Когда ваша страница загружается, запустите скрипт, который вызывает метод, который выполняет ваши проверки. Этот метод возвращает свою информацию вызывающему методу javascript, и вы генерируете всплывающее окно или перенаправляете по мере необходимости.
Вы не можете просто отправить строку javascript в качестве ответа браузеру и запустить его. Должно быть событие (щелчок), которое запускает сценарий. Сценарий должен обработать возвращаемый результат.