W3C определил двоичную кодировку для XML, она называется Fast InfoSet, но она оптимизирована для больших объемов веб-сервисов, а не для встраиваемых устройств, и я не думаю, что есть какие-либо легкие и быстрые реализации, подходящие для вас.
Если вы хотите придерживаться простого XML и вам нужна реализация DOM, тогда используйте XOM (http://xom.nu).. Это легко DOM с наименьшей занимаемой площадью и очень быстрый.
Но если вам действительно нужно уменьшить площадь, вам нужно использовать не-DOM API, такой как SAX или STAX, но это значительно больше работы.