У вас есть пример кода того, что вы делаете? Вы читаете свой файл каждый раз, когда выбираете широту и долготу? Если это так, то это занимает так много времени. Сначала загрузите файл в свою память, например, в качестве объекта pandas, а затем вы сможете искать свои данные намного быстрее.