В этом случае вы можете использовать
$collection['Carriers']->where('id',12345)
// or
collect($collection['Carriers'])->where('id',12345)
Для создания новой модели Eloquent с атрибутами вы можете использовать
$query = (new Query())->setRawAttributes($collection['Query']);
, затем использовать
$query->Country;
Или выможет сделать это грубым способом
$model = (new Model())->setRawAttributes($res1);
и использованием, как вы упомянули
$model->Query->Country or $model->Carriers->where('id',12345)